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Covid-19: Open Data

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Allo scopo di condividere il maggior numero di informazioni utili per analizzare, contenere, combattere e ridurre gli effetti dell'epidemia da Covid-19, diventa pressante l'esigenza di poter accedere non solo ai documenti, ma anche ai dati di ricerca.

In questa pagina sono disponibili i link a enti, centri di ricerca, aziende e gruppi, che con le loro azioni stanno concretizzando gli obiettivi dell'Open Science condividendo il più velocemente possibile dati, documenti, software, strumenti e protocolli; le ricerche sono aperte e partecipative, a favore della trasparenza e della riproducibilità.

GISAID Initiative
Database sostenuto dalla Germania che promuove la condivisione internazionale di tutte le sequenze di virus influenzali, i relativi dati clinici ed epidemiologici associati ai virus umani con lo scopo di consentire un accesso rapido e aperto ai dati relativi a virus epidemici e pandemici.

PROMED
The Program for Monitoring Emerging Diseases (ProMED) della International Society for Infectious Diseases (ISID) promuove un'iniziativa, mettendo a disposizione live data sul coronavirus.

ECDC - European Centre for Disease Prevention and Control
Il Centro europeo per la prevenzione e il controllo delle malattie – ECDC è un’agenzia indipendente dell’Unione europea, nata con lo scopo di rafforzare le difese dei paesi membri dell’Unione nei confronti delle malattie infettive.

COVIDSTAT-INFN
L’Istituto Nazionale di Fisica Nucleare ha creato al suo interno il Gruppo di Lavoro COVIDSTAT-INFN e lanciato il sito web, con l’obiettivo di mettere a disposizione le analisi statistiche dei dati forniti quotidianamente dalla Protezione Civile sulla diffusione della pandemia in Italia.
I dati, il software ed i grafici riassuntivi di COVIDSTAT-INFN sono disponibili in modalità Open Science nell’archivio digitale (attualmente in modalità pilota) per il deposito dei prodotti scientifici dell'INFN, aperto anche ai contributi da parte di ricercatori di altre discipline.

COVIDier
Su BiorXiv, l'articolo di un gruppo di ricercatori che descrive un nuovo deep learning-based software che permette di classificare i genomi di: Alpha coronavirus, Beta coronavirus, MERS, SARS-CoV-1, SARS-CoV-2 e bronchite virale. Gli autori dichiarano che COVIDier è in grado di prevedere con una precisione del 99% i nuovi genomi emergenti della SARS; il nuovo software si pone come alternativa a strumenti affermati, quali BLAST (Basic Local Alignment Search Tool - NIH).

EBSCO
In aggiunta alla disponibilità delle collezioni di documenti, EBSCO mette a disposizione le seguenti risorse:
COVID-19 Clinical Information
https://more.ebsco.com/EBSCO-COVID-19-ResourceCenter.html
Collegamento con protocols.io per l'importazione di protocolli collegati con il Covid-19
https://www.protocols.io/groups/coronavirus-method-development-community/publications?sort=views

GenBank® - Database di sequenze genetiche
I dati relativi alle sequenze di SARS-CoV-2 sono reperibili in GenBank® e nel Sequence Read Archive (SRA) dell'NIH.
GenBank® è il database delle sequenze genetiche, una raccolta annotata di tutte le sequenze di DNA disponibili al pubblico, e fa parte dell'International Nucleotide Sequence Database Collaboration, che comprende il DNA DataBank of Japan (DDBJ), European Nucleotide Archive (ENA) e GenBank presso NCBI. Queste tre organizzazioni si scambiano dati su base giornaliera.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/sars-cov-2-seqs/

Covid-19 opendata
Su GitHub, molti esempi di rielaborazione di dati e l'integrazione tra piattaforme.
es: https://github.com/mcicolella/covid19-opendata

ISTAT
Dati di mortalità.
https://www.istat.it/it/archivio/240401

Johns Hopkins University, Center for Systems Science and Engineering (JHU CSSE): Mapping 2019-nCov
Le attività di ricerca sul Covid-19, compreso lo sviluppo della dashboard interattiva utilizzata anche dalla Protezione Civile Italiana
https://systems.jhu.edu/research/public-health/ncov/

LinkedIn
Nel post “The pandemic crisis of covid-19 fight with the support of open science” del dott. Julien Hering, è presente una lista di iniziative e progetti “open” per la soluzione di problematiche connesse con il Covid-19; tra queste, una sezione specifica sull’Open Science.
https://www.linkedin.com/pulse/pandemic-crisis-covid-19-fight-support-open-science-julien-hering/

Michael Smith Genome Sciences Center (GSC)
Il GSC, presso il BC Cancer (British Columbia, Canada), è un leader internazionale nel campo della genomica, proteomica e bioinformatica per la medicina di precisione.
https://www.bcgsc.ca/

MIDAS - Models of Infectious Disease Agent Study
Ricercatori, studenti e altri membri del Models of Infectious Disease Agent Study (MIDAS) creano e utilizzano modelli computazionali per studiare le dinamiche di trasmissione di una vasta gamma di malattie infettive. Molti membri del MIDAS stanno conducendo ricerche su COVID-19 e stanno realizzando una raccolta internazionale di dati e informazioni sull'epidemia.
https://midasnetwork.us/covid-19/

NCBI Virus
Portale che raccoglie dati sulle sequenze dei virus da RefSeq, GenBank e altri archivi NCBI (National Library of Medicine).
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/labs/virus/vssi/#/
Dati specifici sul Coronavirus: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/labs/virus/vssi/#/virus?SeqType_s=Nucleotide&VirusLineage_ss=Severe%20acute%20respiratory%20syndrome-related%20coronavirus,%20taxid:694009/

Nextstrain
Nextstrain è un progetto open source che sfrutta il potenziale dei dati sul genoma dei patogeni, a supporto della ricerca scientifica e della salute pubblica. Fornisce informazioni costantemente aggiornate sui dati disponibili, attraverso strumenti di analisi e visualizzazione adatti all'uso da comunità estese. L'obiettivo di Nextstrain è aiutare la comprensione epidemiologica e migliorare la risposta alle epidemie.
https://nextstrain.org/
https://nextstrain.org/ncov
https://github.com/nextstrain/ncov

OpenAIRE
OpenAIRE sta realizzando un Gateway in cui raccoglierà in modo automatico tutti i prodotti della ricerca relativi a COVID18 e SARS-CoV-2 (dati clinici, epidemiologici, articoli scientifici, software, metodologie, processi, ecc) e fornira' un punto d'accesso unico a questi risultati.
https://www.openaire.eu/openaire-covid-19-gateway
Informazioni tecniche: https://www.openaire.eu/openaire-activities-for-covid-19

Portale Open Data Unione Europea
Dati sul coronavirus COVID-19.
https://data.europa.eu/euodp/it/data/dataset/covid-19-coronavirus-data

Protezione Civile Italia
COVID-19 Italia - Monitoraggio situazione.
https://github.com/pcm-dpc/COVID-19
https://opendatadpc.maps.arcgis.com/apps/opsdashboard/index.html#/b0c68bce2cce478eaac82fe38d4138b1

re3data.org (registro internazionale di archivi di dati di ricerca)
200 archivi di dati che rispondono alla ricerca per soggetto Microbiology, Virology and Immunology.
https://re3data.org/search?subjects[]=204%20Microbiology,%20Virology%20and%20Immunology

Semantic Scholar: COVID-19 Open Research Dataset (CORD-19)
In risposta alla pandemia di COVID-19, l'Allen Institute for AI ha collaborato con importanti gruppi di ricerca per preparare e distribuire il COVID-19 Open Research Dataset (CORD-19). Questo set di dati ha lo scopo di mobilitare i ricercatori per applicare i recenti progressi nell'elaborazione del linguaggio naturale per generare nuove intuizioni a sostegno della lotta contro questa malattia infettiva.
https://pages.semanticscholar.org/coronavirus-research

SIS - Società Italiana di Statistica
Nella pagina sul Covid-19 i lavori sono classificati temporalmente (in modo da far vedere l’evoluzione delle ricerche) e rispetto alla loro tipologia, semplificata in tre grandi gruppi: “Web, App, Interviste e Video”, “Numeri, Grafici e Articoli Divulgativi” e “Modelli Statistici e Previsioni”.
http://www.sis-statistica.it/ita/56/index.php?p=9980

SPARC Europe: COVID-19 and Open Science
L'organizzazione non-profit SPARC Europe (the Scholarly Publishing and Academic Resources Coalition) ha raccolto una serie di risorse Open, create da comunità di ricerca in ambiti differenti. Tra queste:
- The Lens: Human Coronaviruses Data Initiative https://about.lens.org/covid-19/
- Towards Data Science: COVID-19 Open Source Dashboard https://towardsdatascience.com/covid-19-open-source-dashboard-fa1d2b4cd985
- Wikidata: WikiProject COVID-19 https://www.wikidata.org/wiki/Wikidata:WikiProject_COVID-19
- The COVID Tracking Project https://covidtracking.com/

University of Cambridge, Institute for Manufacturing: Manufacturing and COVID-19: How you or your organisation could help
Informazioni specifiche per le aziende UK, ma anche come i ricercatori possono essere d'aiuto per migliorare la situazione in settori diversi.
https://www.ifm.eng.cam.ac.uk/manufacturing-and-covid-19-ways-your-company-could-help/?fbclid=IwAR0Mr6oXFI7io6qoo8TA74xNaGVxmyWf46Gl5fUhnGBgXOwROdH1nsi49vk

Worldometer
Worldometer è gestito da un team internazionale di sviluppatori, ricercatori e volontari con l'obiettivo di rendere le statistiche mondiali disponibili in un formato accessibile ad un vasto pubblico. I dati Covid-19 di Worldometer sono considerati affidabili e utilizzati dal governo britannico, Johns Hopkins CSSE, Financial Times, The New York Times, Business Insider e molti altri.
https://www.worldometers.info/
https://www.worldometers.info/coronavirus/

Zenodo
Nella homepage del repository, nato per ospitare i risultati della ricerca finanziata dall'Unione Europea, in evidenza i più recenti dataset, software, note tecniche, rapporti sul Covid-19.
https://zenodo.org/



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